Nel 1796 tornò a far parte a pieno titolo del Regno di Napoli, del quale condivise le sorti. Nel 1799 subì le drammatiche conseguenze della guerra tra i francesi sostenitori della Repubblica Partenopea ed i filoborbonici. Nel 1814 Gioacchino Murat, allora Re di Napoli, vi istituì il Convitto Tulliano, sul modello dei licei francesi.
Con l'Unità d'Italia Arpino si trovò a condividere con il resto dell' ex Regno borbonico i problemi e le contraddizioni dell' unificazione. La decadenza dell'industria laniera e la contrazione dello sviluppo economico provocarono un forte flusso migratorio dei suoi abitanti verso il Nord Europa e l'America.

Nel 1927 la città entrò a far parte della neo-costituita provincia di Frosinone.

I tristi eventi della Seconda Guerra Mondiale segnarono tragicamente Arpino, che nel maggio 1944, in località Collecarino, fu teatro di un eccidio di cittadini inermi per mano delle truppe tedesche.

Oggi la conformazione della città, risultato della sovrapposizione di tanti insediamenti successivi, ricorda la forma di una ics: sulle quattro propaggini si trovano i quartieri Colle, Civita Falconara, Arco e Ponte, che si congiungono al centro nella Piazza Municipio, cuore della città. La struttura attuale è fortemente condizionata dall'impianto sette-ottocentesco, che coincise con il momento di massima fioritura di Arpino nell'economia, nelle lettere e nelle arti.

Tracce di caratteri medievali si possono individuare ancora oggi negli edifici sacri e nelle abitazioni signorili, oltre che nei resti delle fortificazioni.